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Bienvenue sur le Wiki du groupe de travail Galaxy de l'Institut Français de Bioinformatique.

Le groupe de travail Galaxy IFB souhaite regrouper les expériences et les savoir faire des différents instituts et plateformes sous forme d'une documentation collaborative.

Toute contribution/retour d'expérience est la bienvenue!

Vous pouvez aussi consulter les autres activités du groupe ici.

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Sommaire

Le Galaxy Day du 4 décembre 2013

09:30 Accueil


10:00 Présentation du Groupe de Travail Galaxy IFB - G. Le Corguillé


Session 1. Chairman : Olivier INIZAN

10:10 Virual machine on cloud for Galaxy training - Franck Samson - INRA Jouy-en-Josas

10:35 One Galaxy at the Institut Pasteur - Olivia Doppelt - Institut Pasteur - Paris

11:00 Galaxy for the rest of us - David Roquis - Université de Perpignan

11:25 Making use of virtualization to develop, maintain and backup a production galaxy server - Marius van den Beek - Drosophila Genetics and Epigenetics - Laboratoire de Biolologie du Développement - Paris


11:50 Déjeuner


Session 2. Chairman : Jean-François DUFAYARD

13:30 A western France Galaxy User group: GUGGO - Cyril Monjeaud, Yvan Le Bras - INRIA - IRISA - Rennes

13:55 Retour d'expérience et réflexion autour de l'utilisation d'une solution Galaxy au Pôle Rhône-Alpes de Bio-informatique - Vincent Navratil - PRABI

14:20 Building a reliable and robust Galaxy service - Vladimir Daric - Université Paris-Sud, Institut de Génétique et Microbiologie, CNRS UMR 8621

14:45 Retour d'expérience sur la mise en place de serveurs Galaxy dans le cadre du réseau CATI BBRIC - Sebastien Carrere - INRA Toulouse

15:10 Galaxy integration into an external information system - Alban Lermine - Institut Curie


15:45 Pause


Session 3. Chairman : Christophe CARON

16:10 Feedbacks on installation and release of Galaxy platform - David Benaben - Université Bordeaux CBIB - Bordeaux

16:20 Galaxy and the metabolomic analysis Universe - Franck Giacomoni - INRA Clermont - Clermont

16:30 User feedback of a Galaxy workflow conception - Claire Toffano-Nioche - Université Paris-Sud, Institut de Génétique et Microbiologie, CNRS UMR 8621 - Orsay


16:40 Questions et clôture de la journée

Liste des inscrits au Galaxy Day

Architectures

Cette section couvre les architectures réseaux, systèmes et logicielles mises en place pour les instances Galaxy.

Développements

Cette section vise à identifier les bonnes pratiques associées à l'intégration d'outils dans une instance de Galaxy ou dans un toolshed.

Data management

Il s'agit ici de présenter les différentes pratiques de gestions des données sous Galaxy.

Outils personnels
Espaces de noms

Variantes
Actions
Navigation
Boîte à outils